浙东的变动与战乱
浙东地区历来是东晋重要的财政支柱，江东地区不仅向中央政府缴纳贡赋，而且地方上的府库也因此得以充实。会稽沿海及附近的湖泊和良田为政府带来了巨额财富，农业发展也在此蓬勃兴起，尤其是数十万顷肥沃的良田。然而，随着农民起义的爆发，这一切发生了剧变。政府派遣军队进行镇压，但此举不但没有平息局面，反而加剧了局势的动荡。为了压制起义，军队展开了大规模的抢掠和屠杀，浙东的经济因此遭到了严重破坏，大规模的饥荒随之而来。扬州的生产能力遭遇摧残，荆州的经济和力量开始超过扬州，东晋的财政状况也急剧恶化。
在政府财政困窘、粮食短缺的背景下，桓玄下令封锁了长江，切断了上游向下游的物资供应。下游的饥荒愈发严重，商旅也被完全阻断。迫于无奈，东晋政府下令讨伐桓玄，司马元显亲自统帅大军，刘牢之担任先锋。桓玄同样不甘示弱，决定亲自率兵迎战。公元402年三月，桓玄通过收买刘牢之成功让北府军倒戈，取得了决定性的胜利，直接进入建康，屠杀了司马道子和司马元显等东晋高层人物，迫使安帝退位。公元403年，桓玄登基称帝，国号楚。
桓楚政权的短暂与内外危机
展开剩余78%尽管江南的政治结构发生了变化，桓玄成功建立了楚政权，但外部的压力与内部的危机并没有得到有效解决。多个州郡依然饱受饥荒之苦，农民因缺乏粮食而大量死亡。尤其是三吴地区，民众几乎减半，社会秩序已经岌岌可危。新政府未能及时解决这些问题，反而加剧了社会矛盾，导致社会动荡不断。
桓玄能够成功夺权，最重要的原因是北府军的将领倒戈投靠。然而，桓玄深知要巩固自己的政权，必须削弱北府军的力量，因此在建康占领后，他立即开始打击北府军的将领，先是剥夺了刘牢之的兵权，任命其为会稽太守，接着又先后处死了高素、竺谦之、竺郎之等将领，并提拔了一些新的军官，包括刘裕。刘裕出身士族，家境并不富裕，但因其父早逝，生活艰难。在镇压浙东农民起义中，刘裕立下了赫赫战功，并且凭借实力逐渐晋升为建武将军。
在桓玄急于巩固政权时，刘裕表现得冷静且隐忍。他与桓玄保持表面上的忠诚，甚至在私下表达了对桓玄继位的支持，然而心中早已盘算着将来推翻桓玄，恢复北府军的势力。
刘裕起兵反桓
公元404年2月28日，刘裕在京口发动起义，联合北府军的中下层将领，成功击杀了桓脩。同时，北府兵的另一支力量在广陵起兵，杀死了桓弘。刘裕集结兵力，与北府军汇合后，向建康进发。得知反叛的消息后，桓玄慌忙派兵平叛，但北府军顽强抵抗，最终桓玄被迫撤离建康，带着退位的司马德宗向荆州撤退。
在江陵，桓玄再次集结大军，准备东下复仇，却在峥嵘洲与北府军展开了激战，最终败退。不久后，桓玄在一次战斗中被杀，尽管桓氏家族尚存余力，在荆、湘一带活动，但最终于一年后彻底平定。与此同时，司马德宗重新登上了皇位。
刘裕逐步掌控东晋
刘裕起义成功后，逐渐掌控了东晋的大权。首先，他被任命为南徐、南青两州刺史，后来又加封扬州刺史，实质上已掌握东晋军政大权。此时，南燕趁机入侵东晋边境，掠夺大量人口并送往后秦。为稳定国内局势，刘裕决定出兵南燕。这场战争不仅满足了江南百姓的抗敌需求，还帮助刘裕提升了在朝中的威望，进一步巩固了自己在北府军中的地位。
公元409年4月，刘裕率军出征南燕，成功地围攻了广固，并将南燕灭亡。随后，他凭借这一胜利，在东晋政权中占据了无可争议的主导地位。
卢循北上与东晋的动荡
就在刘裕逐渐稳固政权之际，卢循也在广州整军，准备北上。卢循的军队包括大量农民和佃客，这些人战斗力强，且对世家大族有着强烈的仇恨。公元410年2月，卢循与徐道覆在始兴汇合，兵分两路准备进攻建康。尽管卢循的军队一度压倒性地打败了东晋的守军，但刘裕得知消息后，迅速带兵赶回，经过一系列反击，最终成功稳住了建康。
卢循和徐道覆在面对刘裕的强大反击时，逐渐失去主动，最终在四月撤退。接着，在与刘裕的几场交战中，他们的部队损失惨重，卢循最终在投水自尽的过程中结束了生命。公元411年2月，始兴被攻破，卢循和徐道覆的反抗也彻底宣告失败。
结语：农民起义的终结与失败的教训
孙恩起义始于公元399年11月，经过十一年多的战斗，终于在公元411年4月，卢循在交州败亡。孙恩的起义虽起初得到了民众的广泛响应，但未能及时巩固根基，且在战局不利时频繁撤退，使得失去了与大陆民众的联系。而卢循虽然夺取了农民军的领导权，但因优柔寡断未能有效掌握战机，错失了推翻东晋的机会。最终，经过多年波折，起义失败，东晋政权在这一连串动乱后得以暂时恢复，但农民的疾苦与社会矛盾并未得到根本解决。
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